Или как сделать, чтоб удалял из базы не насовсем, а только на время работы скрипта?
Скопировать записи в отдельную группу, а лучше используйте ресурсы, там это будет автоматически.
Самый простой способ сделать резервную копию, это экспортировать в csv?
Самый простой способ сделать резервную копию это Конвертировать -> Бэкап